ADMISION
El módulo de admisión permite el manejo de la información inicial referente a la admisión de un paciente al hospital.
INFORMACION 
La finalidad de este módulo es obtener información verídica y confiable, necesaria para una adecuada atención a los familiares de los pacientes internos y al público en general.
SERVICIOS AUXILIARES
Este módulo apoya el servicio que se proporciona a pacientes internos y externos en lo que se refiere a estudios de imagen en el hospital, además el módulo puede usarse para otras áreas de servicios auxiliares como: Endoscopia, Inhaloterapia, Cardiología, entre otras.
EXPEDIENTE CLINICO
El módulo de expediente clínico es el módulo central del SIHO. El objetivo principal de este módulo es tener almacenada la información de todas las personas que hayan recibido atención en el hospital, de tal forma que facilite las consultas de la información clínica en el momento que sea requerida.
BANCO DE SANGRE
Este módulo permite llevar un control detallado de las entradas y salidas de sangre, así mismo, guarda información tan importante como la de donadores, como el intercambio institucional de sangre.
DIETOLOGIA
El módulo de dietología permite monitorear las dietas de cada paciente hospitalizado para llevar un control de los alimentos que deben ser preparados. Además, también es posible formar dietas de acuerdo a las características de cada pacientes, como peso, talla, diagnóstico, etc.
COMPRAS
Este módulo facilita llevar un control preciso y centralizado sobre las compras, y al mismo tiempo evaluar a los proveedores con base a variaciones de precios, tiempos de entrega y rechazos.
INVENTARIOS
Este módulo facilita el control de los recursos materiales e insumos que se manejan en cada uno de los almacenes del hospital. La administración del inventario está centralizada ya que todas las entradas y salidas se registran en un mismo inventario, la recepción de los artículos se hace por parte del almacén que las solicitó y se realiza una “reubicación lógica” de dichos artículos en el sistema para conocer su localización.
Permite conocer un inventario total del hospital, así como el inventario que existe en cada departamento o área definido como tal.
CUENTAS POR PAGAR
El módulo de cuentas por pagar facilita el controlar las cuentas de proveedores y el flujo de efectivo que se tiene en el hospital, así como la administración y programación de pagos.
Este módulo se provee de información de otros módulos como son: inventarios, caja y crédito y cobranza, lo cual minimiza los errores de captura de datos por la intervención de los usuarios.
CAJA
Este módulo permite un control centralizado de todo tipo de ingresos que tenga el hospital.
NOMINA 
El módulo de nómina permite tener el registro centralizado de empleados y departamentos del hospital, además de agilizar el proceso de generación de nómina. Las siguientes opciones forman parte del proceso de nómina.
CONTABILIDAD
El módulo de contabilidad facilita el control de todo lo relacionando con la contabilidad interna del hospital, lo cual permite tener una imagen clara y verídica de la situación financiera y contable.
SUPERVISION Y ESTADISTICAS
Este módulo contiene diversos reportes que son necesarios para la toma de decisiones, tanto del área administrativa, como de la clínica. También genera la información necesaria para diferentes entidades como INEGI y SSA. Algunos de los reportes que maneja el SIHO, está citados al final de este documento.
SISTEMAS Y SEGURIDAD
tiene este módulo para que el departamento de sistemas controle y lleve el monitoreo las transacciones que se realizan en los diferentes departamentos. Cuenta con diferentes niveles de seguridad en el acceso a cada una de las opciones. Es posible configurar diferentes usuarios según su nivel, funciones y responsabilidades. Cada vez que un usuario hace uso del SIHO, queda registrado, quién realizó dicha transacción, la fecha y la hora, pudiendo de esta forma rastrear cada movimiento tanto clínico como administrativo. Cuenta con una doble seguridad para el expediente clínico, de tal forma que si un médico o una enfermera, inician una captura, debe ser el mismo usuario quien lo termine.
